Μορφολογικά παρουσιάζει τρία τμήματα, τη ρίζα, το σώμα και τη βάλανο. Η ρίζα του πέους προσφύεται ισχυρά στην επιφάνεια του ουρογεννητικού διαφράγματος και στα οστά της πυέλου. Το σώμα του πέους είναι κινητό και ελεύθερο και καταλήγει στη βάλανο του πέους, από την οποία χωρίζεται με τη στεφανιαία αύλακα. Η βάλανος έχει ένα χείλος που προβάλλει, τη στεφάνη της βαλάνου, και φέρει το έξω στόμιο της ουρήθρας.
Το σώμα του πέους αποτελείται από τα δύο σηραγγώδη σώματα του πέους (ραχιαία) και το σπογγιώδες σώμα του πέους ή σηραγγώδες σώμα της ουρήθρας (κοιλιακά). Στο τελευταίο πορεύεται η σηραγγώδης μοίρα της ανδρικής ουρήθρας. Στο σώμα του πέους, τα δύο σηραγγώδη σώματα βρίσκονται σε στενή επαφή, παράλληλα μεταξύ τους και χωρίζονται από το κτενοειδές διάφραγμα. Κατά το οπίσθιο (κεντρικό) τμήμα τους, όμως, απομακρύνονται το ένα από το άλλο, διαμορφώνοντας τα δύο σκέλη των σηραγγωδών σωμάτων. Το κάθε σκέλος προσφύεται ισχυρά στους ηβοϊσχιακούς κλάδους της πυέλου και καλύπτεται εξωτερικά από τους ισχιοσηραγγώδεις μυς, ενώ καταλήγει σε τυφλό άκρο μπροστά από το ισχιακό κύρτωμα. Κατά την κοιλιακή επιφάνεια του πέους, τα δύο σηραγγώδη σώματα σχηματίζουν την ουρηθρική αύλακα που υποδέχεται το σπογγιώδες σώμα του πέους. Το τελευταίο περιβάλλει τη σηραγγώδη μοίρα της ανδρικής ουρήθρας, η οποία εισέρχεται από το εγγύς διογκωμένο του άκρο (βολβός του σηραγγώδους σώματος της ουρήθρας). Σημειώνεται εδώ, ότι και η σηραγγώδης μοίρα της ουρήθρας κατά το σημείο εισόδου της στο σπογγιώδες σώμα είναι διευρυμένη (βολβός της ουρήθρας), ενώ περιβάλλεται από τον βολβοσηραγγώδη μυ, ο οποίος συσπάται για την προώθηση του περιεχομένου της ουρήθρας και την εκσπερμάτιση. Τέλος, το σπογγιώδες σώμα του πέους θα καταλήξει στο άκρο του σώματος του πέους όπου διευρύνεται σχηματίζοντας τη βάλανο που καλύπτει τα άκρα των δύο σηραγγωδών σωμάτων του πέους.
Διατομή και χιτώνες του πέους
Τα περιβλήματα του πέους (από έξω προς τα μέσα) είναι τα ακόλουθα:
- Η πόσθη, που είναι το λεπτό χωρίς λίπος δέρμα που περιβάλλει το σώμα του πέους. Το τμήμα της που καλύπτει την βάλανο ονομάζεται ακροποσθία, η οποία εμφανίζει δύο πέταλα (έσω και έξω) και προσφύεται στη βάλανο. Κοιλιακά σχηματίζει το χαλινό της ακροποσθίας.
- Η επιπολής πεϊκή περιτονία, η οποία είναι συνέχεια της περιτονίας του Scarpa από το πρόσθιο κοιλιακό τοίχωμα και της επιπολής περινεϊκής περιτονίας του Colles και του δαρτού από το όσχεο.
- Η εν τω βάθει πεϊκή περιτονία (του Buck). H περιτονία του Buck αποτελεί την καθ’εαυτή περιτονία του πέους και καλύπτει από κοινού τα δύο σηραγγώδη σώματα, ενώ κατά την κοιλιακή επιφάνεια διαχωρίζεται για να περιβάλλει και το σπογγιώδες σώμα. Ελαστικές ίνες και ίνες κολλαγόνου από την περιτονία του ορθού κοιλιακού μυ αναμιγνύονται με ίνες από την ηβική σύμφυση και συνδέονται όλες μαζί με την περιτονία του Buck, σχηματίζοντας τον ανελκτήρα σύνδεσμο του πέους. Στο περίνεο, η περιτονία του Buck διαπλέκεται στέρεα με τον εν τω βάθει αυτής ινώδη χιτώνα, πάνω στα σηραγγώδη σώματα, ενώ περιφερικά διαπλέκεται με την βάση της βαλάνου στην στεφανιαία αύλακα. Έτσι, αιμορραγία από ρήξη σηραγγώδους σώματος όταν η περιτονία του Buck είναι άθικτη, θα περιοριστεί στο σώμα του πέους. Αν όμως διαρραγεί και η περιτονία του Buck, τότε το αιμάτωμα μπορεί να φθάσει ελεύθερα μέχρι το όσχεο ή το πρόσθιο κοιλιακό τοίχωμα. Επίσης, ας σημειωθεί εδώ, ότι στη ραχιαία επιφάνεια του πέους και αμέσως κάτω από την περιτονία του Buck, πορεύονται η μονοφυής εν τω βάθει ραχιαία φλέβα του πέους και εκατέρωθεν αυτής η ραχιαία αρτηρία και το ραχιαίο νεύρο. Οι επιπολής ραχιαίες φλέβες του πέους πορεύονται έξω από την επιπολής πεϊκή περιτονία και κινούνται εκατέρωθεν της μέσης γραμμής κάτω από την πόσθη.
- Ο ινώδης (λευκός) χιτώνας (tunica albuginea), που περιβάλλει το κάθε σηραγγώδες σώμα και σπογγιώδες σώμα ξεχωριστά (τρεις κύλινδροι). Τα σηραγγώδη σώματα περιέχουν διατεινόμενες φλεβικές κοιλότητες που είναι υπεύθυνες για τη στύση του οργάνου, βρίσκονται δε σε συνάφεια μεταξύ τους στη ραχιαία επιφάνεια του πέους ως προέκταση των σκελών. Δύο στρώματα μπορούν να διακριθούν στον ινώδη χιτώνα: το επιπολής που φέρει επιμήκεις ίνες και το εν τω βάθει που φέρει κυκλοτερείς ίνες. Το εν τω βάθει πέταλο από τα δύο σηραγγώδη σώματα του πέους συνενώνεται στη μέση γραμμή για να σχηματίσει το κτενοειδές διάφραγμα του πέους, το οποίο ονομάστηκε έτσι καθώς είναι ατελές προς τη ραχιαία επιφάνεια του πέους, με κάθετα ανοίγματα επικοινωνίας μεταξύ των σηραγγωδών που προσομοιάζουν με εκείνα μιας χτένας των μαλλιών.